教育部是工程中心的行政主管部门，学校是工程中心建设的依托单位；工程中心是学校相对独立、与学院平行的二级机构；工程中心在组织结构上按照国家教育部要求，成立技术委员会和管理委员会，并在中心内部实行主任负责制，设主任1名，副主任3名。下设工程技术部、财务管理部、综合管理部、研究室、实验室和产业化基地等机构。其组织机构如下图所示：